地球人類が宇宙へと進出した遥か未来。異星種族との交流も既に長い年月を経て円滑に行われるようになり、広大な宇宙を統率する「宇宙連邦政府」の樹立によって、異星種族間のさらなる結束が固められて久しい。連邦保安軍「SSF」の特殊装甲中隊に所属するイリス（主人公）は、そのほとんどが女性隊員で構成された、通称「装甲騎女」と呼ばれる部隊のエースパイロット。しかし、彼女の部隊が、女性蔑視の風習が残る悪名高い惑星レフトの地域紛争鎮圧に投入された際、激戦の最中、相棒・メイリィと共に撃墜され、戦場に取り残されてしまう。そして、敵対勢力の都市、通称・ダークタウンに連行されたイリスは、そこで奴隷として売買されることに……。